醫藥行業是一個很龐大而獨特的行業， 它對空氣的潔凈度等級需求也很高。

    一般而言， 對醫藥行業空氣的低標準要求用效率為30%的預濾器和效率為90%的終濾器相結合應用進行過濾。通常情形下不需要HEPA過濾器過濾， 但在獨特情況下如隔離病房、特定的檢測和護理地域則需用HEPA過濾器過濾。

    醫藥行業的許多HVAC系統(英語：Heating,Ventilation,Air-conditioning and Cooling 簡寫HVAC，即空氣調節系統，是包含溫度、濕度、空氣清凈度以及空氣循環的控制系統。)使用100%的戶外空氣， 這針對避免病人通過HVAC系統中的飄浮微生物進行交叉感染是非常好的對策。但100%使用戶外空氣并不能消除微生物菌種在空氣過濾介質中的生長發育以及對護理環境產生的不良影響。因而， 現在很多醫藥行業仍需HVAC系統。

    衛生系統的潔凈室開始用于手術室。剛開始它僅僅在矯形手術治療中獲得廣泛應用， 因為矯形手術治療時間較長， 容易造成細菌感染。控制水平較理想的是使用手術臺周圍的空氣潔凈度達到100級。通常提案使用頂部HEPA過濾系統， 它能覆蓋少九平方米的總面積， 進而將手術臺和人包含在內。

    潔凈室獲得運用的其它方面有分娩室、保育室、燒傷室、心臟病人護理單元等。新消息之一是牙外科手術潔凈室的應用， 它降低了在長期手術過程中醫務人員被感染的危險。

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